Az ambiciózus Tojgun budai pasa Fülek elfoglalásával (1554) éket vert a Habsburgok uralta nyugati és keleti országrészek közé. Később az újból Budára került Hádim Ali Szigetvár elfoglalásával (1556) próbálkozott. Most nem volt olyan sikeres, mint négy éve. Ötven napig tartó ostrommal sem tudta bevenni az erődítményt.

Szigetvár elfoglalására tíz évvel később Szulejmán szultán hetedik, egyben utolsó hadjárata idején, 1566-ban került sor. János Zsigmond felső-magyarországi terjeszkedésének támogatását ürügyül használva indítottak újabb háborút a törökök. Pertev pasa másodvezért Gyula elfoglalására küldte, ő pedig a fősereggel Szigetvár alá vonult, amelyet 2300 horvát és magyar katonával Zrínyi Miklós védett. Gyulát két hónapig tartotta őrsége, Szigetvár pedig 38 napon keresztül állta a mintegy 50 000 reguláris katonát számláló szultáni sereg ostromát.

A védők hősies helytállását, a rommá lőtt várból kitörő, hősi halált halt Zrínyi Miklós történetét a következő évszázadban azonos nevű dédunokája énekelte meg, s tette történelmi köztudatunk nélkülözhetetlen részévé. A vár elestét az idős Szulejmán szultán már nem érte meg, két nappal a védők kirohanása előtt meghalt (szeptember 6.) a szigetvári táborban.

Szigetvár elfoglalásával lezárult a magyarországi oszmán hódítás nagy korszaka. Az utód II . Szelim Drinápolyban békét kötött (1568) I. Miksa német-római császárral. Szigetvár és Gyula elfoglalásával az oszmánok felszámolták a védelmi rendszerüket veszélyeztető erődítményeket, így az ország középső részének katonai ellenőrzése teljessé vált.

Az Oszmán Birodalom sikereit jelezte, hogy I. Miksa magyar királyként ajándék formájában lényegében adófizetésre kényszerült. A királyi országrész és Erdély viszonyát egyezményben (1570) rendezték. János Zsigmond lemondott a királyi címről és Miksa császárt Magyarország királyának ismerte el. Utód nélküli halála esetén a fejedelemség a Habsburg uralkodóra száll, ezzel a Magyar Királyság jogilag ugyan egységes maradt, de az ország három részre szakadása állandósult.